Right, jeg kan se det nu, du bruger Custom Cuts, som genererer en EDL-fil, der behandles af MCEBuddy.
Det kan være, at ffmpeg har problemer med tidsstemplerne. Prøv at tilføje dette til din profil
CommercialMergeTool=avidemux
Dette får MCEBuddy til at bruge avidemux i stedet for ffmpeg til at klippe segmenter og er mere stabilt for visse videoer med timingproblemer.