Resumen del problema o sugerencia:
Sería valioso permitir múltiples pasadas —si no una segunda pasada— de ComSkip. Esto es para situaciones en las que, por cualquier motivo, una segunda pasada parece eliminar más comerciales que la primera.
Intenta encadenar tus tareas de conversión para que cada archivo se procese 2 veces; de esa manera puedes ejecutar el mismo archivo a través de comskip dos veces. Aquí tienes un ejemplo de cómo configurar la encadenación de tareas