Eso se debe a que -cq no es reconocido por MCEBuddy. Es una opción obsoleta en ffmpeg y no significa calidad constante como muchos creen. Significa cuantizador constante, muy diferente de calidad constante.
Deberías usar -b para la tasa de bits o -crf para la calidad. MCEBuddy reconoce ambas y ajustará los valores cuando muevas el control deslizante.
Si no quieres que MCEBuddy modifique ninguno de los parámetros de tu perfil de video (incluyendo ignorar el control de calidad), añade la directiva VideoOptimized correspondiente a tu perfil. Consulta este enlace para más detalles: MCEBuddy - Advanced Settings, Commands and Tweaking
Al crear perfiles personalizados, consulta el enlace anterior y también puedes revisar los perfiles existentes como ejemplos.