La respuesta corta es que sí se puede, la respuesta larga es que tendrás que crear un perfil personalizado; dependiendo de si usas HandBrake o FFmpeg, tendrás que escribir los comandos personalizados para esos codificadores. Hay muchas formas distintas de hacerlo, así que la comunidad de cada codificador es tu mejor opción. Asegúrate de haber activado las banderas de optimización del codificador en tu perfil (ver Comandos avanzados <encoder>-VideoOptimized=true) para que MCEBuddy no “sobrescriba” tus ajustes con su propia lógica.
Por ejemplo, con FFmpeg puedes usar -vf scale o -vf setsar o combinarlos según el ancho de entrada -vf scale=iw*55:ih,setsar=1:1, etc. Tendrás que decidir qué te conviene más: escalar, SAR o PAR.